Na ogród, który znajduje się w pobliżu kompleksu kościelnopałacowego składa się wiele gatunków roślindrzewa, krzewy i rośliny zielne pochodzące z różnych kontynentów. Teren ogrodów przecinają aleje z fontannami (np. fontanna z galeonem – zmniejszonym modelem XVII-wiecznego statku, strzelającym z dział strumieniami wody). Na terenie kompleksu znajduje się fragment o charakterze leśnym zajmujący 2 hektary.

W ogrodach znajduje się również dom letni, tarasy widokowe, liczne kapliczki i groty (m.in. zbudowana na wzór prawdziwej grota Matki Boskiej z Lourdes, podobizna Matki Boskiej Jasnogórskiej, Matki Bożej Fatimskiej i z Gwadelupy).

Ogrody Watykańskie nie były dostępne dla turystów zwiedzających Watykan aż do czasów Piusa XII.