Unia zawarta w 433 zdawała się zapowiadać pokój. Po śmierci Jana z Antiochii w 422 i Cyryla w 444 roku, ich miejsca zajmują ludzie stojący niżej moralnie jak i intelektualnie. Patriarchą Aleksandrii zostaje Dioskur, Antiochii zaś – Domnus. W połowie V wieku konflikt odżył z nową siłą. Wybuchł on w Edessie. Do konfliktu doszło między adwokatem Euzebiuszem, który został biskupem Doryleum, a Eutychesem, archimandrytą wielkiego klasztoru w Konstantynopolu, liczącego ok. 300 mnichów.

Potępił on (Euzebiusz) Eutychesa za herezję wyrażoną w słowach: wierzę, że Chrystus przed wcieleniem miał dwie natury, natomiast po wcieleniu miał jedną. Ta herezja potępiona przez synod jak i patriarchę, zakończyła się ekskomuniką mnicha, który odwołuje się do papieża, także do biskupa Rawenny, Piotra, zwanego Złotosłownym; kieruje też listy do biskupów Tessalonik i Jerozolimy. Ale przede wszystkim kieruje list do cesarza, który nakazał rewizję wyroku synodu. Ten natomiast tylko potwierdza wcześniejsze zarzuty, ale nie odważa się powtórzyć potępienia. Wtedy Eutyches podsuwa cesarzowi pomysł zwołania soboru. Listem z dn. 30 marca 449 roku Teodocjusz II zwołuje sobór do Efezu na 1 lipca 449 roku. Dzięki Flawianowi papież Leon był doskonale poinformowany o wydarzeniach i poglądach Eutychesa. Papież chwali zapał cesarza w sprawach Bożych, ale gani go za zwołanie soboru bez zasięgnięcia zdania papieża i obiecuje wysłanie obszernego wykładu wiary do patriarchy Flawiana. Pisze też list do siostry cesarskiej Pulcherii. Nas jednak interesuje przede wszystkim list do Flawiana, który to list jest wykładem nauki o wcieleniu. Później zostanie ten list przyjęty jako podstawa wszystkich orzeczeń chrystologicznych: najpierw Soboru Chalcedońskiego, później jako podstawa całej chrystologii katolickiej.

Sobór rozpoczął się z opóźnieniem, 8 sierpnia 449 roku. Cesarz Chryzafiusz wydał decyzję, że przewodniczyć ma Dioskur. Wszystko było zaplanowane przez cesarza eunucha – Chryzafiusza. Stawiło się 130 biskupów. Delegatów papieskich było trzech. Eutyches na tym soborze dzięki ogromnemy sprytowi zostaje uwolniony z wszystkich zarzucanych mu oskarżeń. Legaci papiescy byli przede wszystkim świadkami rozboju, kłamstwa i podstępu. Załatwiwszy sprawę Eutychesa Dioskur stwierdza, że kto głosi inną naukę niż ta, która była głoszona w Nicei i Efezie, powinien zistać potępiony. Wszyscy podpisują tą deklarację, nawet legaci papiescy. Dioskur wtedy wnioskuje: ponieważ Flawian i Euzebiusz z Doryleum byli oskarżycielami  Eutychesa, dlatego trzeba ich potępić i pozbawić kapłaństwa. Wszyscy delegaci zrozumieli, że zostali oszukani. Wkracza wojsko. Flawian ucieka, później jednak go złapano i osadzono w Lidii. Zbiegł również Euzebiusz z Doryleum. Podobnie Hilaremu. Nie wiadomo co się stało z Juliuszem. Po opanowaniu zamętu, przystąpiono do podpisywania potępienia. Podpisali je wszyscy, nawet ci biskupi, którzy później w Chalcedonie będą mówili, że ich do tego zmuszono.

W połowie września 449 roku do Rzymu przybywa Hilary, któremu cudownie udało się zbiec. 29 września Leon zgromadził synod, który potępił to, co się wydarzyło w Efezie. Wtedy Leon wypowiada sławne słowa: Nie był to Sobór, lecz rozbój (Łotrostwo efeskie).  Oczywiście sobór ten nie został uznany za sobór. Później ginie Teodocjusz spadając z konia. Tron obejmuje jego siostra Pulcheria. Pierwszym jej posunięciem jest usunięcie Chryzafiusza. Poślubia ponadto senatora Marcjana, który 24 lipca 450 roku zostaje cesarzem. Upadek Chryzafiusza oznacza również koniec Eutychesa, który zostaje wysłany do klasztoru i … tyle o nim słychać było. Zmniejszają się również wpływy Dioskura. Pulcheria i Marcjan ukierunkowują się na Rzym. Cesarz chce zwołać sobór do Nicei na dzień 1 września 451 roku. Papież Leon nie jest tym zachwycony, ale ulega, wyznaczając swoich delegatów. Tegoż dnia ok. 600 biskupów zebrało się w Nicei. Był to najliczniejszy sobór w starożytności. Cesarz nie mógł stawić się w czasie (interesy państwowe), i ponieważ konflikty i podenerwowanie biskupów z tego powodu było wielkie, przeniesiono całe towarzystwo na przedmieście azjatyckie Konstantynopola, do Chalcedonu. 8 października 451 roku rozpoczyna się sobór.

W czasie pierwszej sesji wspomniano o niechlubnym soborze w Nicei z 449 roku. Usprawiedliwiali się wszyscy biskupi podpisujący tamten dekret. Tłumaczyli się, że byli podstępnie oszukani i bali się. Druga sesja dotyczy nowego wyznania wiary. Zostaje powołana specjalna komisja rozpatrująca tę sprawę. Trzecia sesja zatrzymała się na Dioskurze. Ekskomunikuje się go za zwołanie soboru bez porozumienia z biskupem Rzymu, z wspólnotę z Eutychesem i za nie odczytanie listu papieża. Dekret podpisuje 308 biskupów. Czwarta sesja to rehabilitacja niewinnych i osądzenie innych winnych sytuacji w Nicei. Na sesji piątej dochodzi kwestia formuły dogmatycznej. Ostatnie dni tzn. 26 –31 października poświęcono kwestiom prawnym. W końcu zatwierdzono kanony dyscyplinarne. Zakazano udzielania święceń za pieniądze, duchowni nie powinni oddawać się sprawom doczesnym, jeśli duchowny udaje się w podróż, powinien mieć listy polecające, duchownym i mnichom zabroniono przebywać bez zezwolenia w Konstantynopolu, duchowni są związani z konkretnym Kościołem, dla którego zostają wyświęceni. Mnisi są od tej pory poddani swojemu biskupowi. Winni oni (mnisi) zachować celibat, zakonnice – dziewictwo.

Słynny kanon 28. Sobór Nicejski (325) w kanonie 6 mówił o trzech wyróżniających się stolicach biskupich: Rzymie, Aleksandrii i Antiochii. W tym czasie powstała nowa stolica Cesarstwa – Konstantynopol (podlegał jednak metropolicie Heraklei). Sobór Konstantynopolitański I (381) w kanonie 3 postanawia, że biskup Konstantynopola ma pierwszeństwo honorowe po biskupie Starego Rzymu, ponieważ Konstantynopol jest Nowym Rzymem. Sobór Chalcedoński nadaje Konstantynopolowi równe przywileje Staremu Rzymowi. Przede wszystkim chodzi tu nie tylko o prymat honorowy, ale jawne nadanie rzeczywistej władzy na całym Wschodem, inaczej: jawne uzasadnienie tej praktyki, którą Konstantynopol rzeczywiście już wykonywał. Biskupi Konstantynopola mieli by takie samo prawo co biskupi Rzymu. Na sesji na której ustanowiono ten kanon nie byli obecni delegaci papiescy, którzy chyba za bardzo nie chcieli się do twego mieszać. Na następnej jednak sesji ostro zaprotestowali, ale było już po fakcie. Na zakończenie biskupi skierowali list do papieża (krytykując legatów za kanon 28) z prośbą o zatwierdzenie uchwał. Leon nie był wcale zadowolony z takiego obrotu rzeczy. Dopiero po roku odpisuje, dając swoje niezadowolenie. Kanon 28 Soboru Chalcedońskiego stanowi jeden z fundamentów prawnych późniejszej schizmy wschodniej.

Jakie były konsekwencje soboru?

Negatywy:

  1. przyniósł wielki rozłam w Kościele (Nestorianie odłączają się od Kościoła)
  2. Kanon 28 jako początek powstania schizmy wschodniej
  3. Kwestia dogadania się , liczne nieporozumienia – język (greka, łacina, a co tu mówić o językach Wschodu)

Pozytywy:

  1. zwrócono na dwoistość natur i ostatecznie ustalono formułę określającą, na czym polega równoczesna jedność, a zarazem dwoistość Chrystusa. Ta formuła stanowi punkt odniesienia i fundament całej nauki Kościoła o Chrystusie.
  2. Widzimy wzrost znaczenia Stolicy Apostolskiej – papież Leon

Jeśli chodzi o prawodawstwo Soboru Chalcedońskiego to trzeba powiedzieć, że przełożono je na łacinę i dostało się do średniowiecznych kolekcji prawnych, np. do Dekretów Gracjana.